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Loi 98-535 du 1-7-1998 et décret de création n° 99-242 du 26 mars 1999
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Les principes de l’organisation de l’AFSSA sont définis par le décret 99-242 du 26 mars 1999. Un conseil scientifique veille à la cohérence de la politique scientifique de l’Agence. Trois directions sont responsables des activités scientifiques de l’Agence. La direction de la programmation des laboratoires (DPL) est en charge de la programmation, de la coordination, du suivi et de l’évaluation de l’ensemble des activités des laboratoires, qui lui sont rattachées en coordination avec la direction de l’hygiène des aliments (DHA) à l’exception de celles qui sont coordonnées par la direction de l’évaluation des risques sanitaires et nutritionnels (DERNS). Cette dernière assure les actions d’évaluation en faisant appel aux commissions d’expertise ainsi qu’à des groupes de travail. Elle est chargée d’instruire, dans le champ des risques nutritionnels et sanitaires, l’ensemble des demandes d’avis ou des consultations adressées à l’Agence ; elle assure le recueil des informations, élabore les recommandations ou propositions aux autorités compétentes dans les conditions prévues à l’article L. 794-1 du code de la santé publique. L’ANMV (Agence nationale du médicament vétérinaire) est quant à elle chargée de l’évaluation des dossiers d’autorisation de mise sur le marché (AMM), de la délivrance de ces AMM et du suivi des médicaments vétérinaires après autorisation. La commission d’AMM et la commission nationale de pharmacovigilance lui sont rattachées. Consultée obligatoirement sur les projets de dispositions législatives ou réglementaires portant sur les maladies animales et l’utilisation des médicaments vétérinaires, l’Agence l’est aussi en matière de produits phytosanitaires et d’organismes génétiquement modifiés.
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A partir du milieu des années 1990, les pouvoirs publics français, confrontés à la crise de la « vache folle », durent dresser le constat du dispositif de veille et de sécurité sanitaire national. Leurs conclusions, exposées dans le projet de loi Huriet, mettent en lumière une insuffisance de la connaissance des risques à l’alimentation pour légiférer en connaissance de cause, un manque d’indépendance des autorités chargées du contrôle, une démarche tournée essentiellement vers la santé animale et non humaine, une insuffisance des moyens accordés à la veille sanitaire, la multiplicité et le manque de coordination des organismes (vétérinaires, douanes, fraudes) chargés de la veille sanitaire et du contrôle et un manque d’information. Une réforme s’avère indispensable pour renforcer ce dispositif. Elle intervient au moment de la réorganisation, au niveau européen, du dispositif de veille sanitaire, suivant les recommandations internationales du Codex Alimentarius. Ce dernier préconise une séparation entre, d’une part, l’appréciation et l’évaluation du risque dévolue à des agences spécialisées et, d’autre part, sa gestion confiée à la puissance publique. Ces recommandations formeront l’ossature de la loi 98-535 du 1er juillet 1998 (dite loi Huriet) avec la mise en place d’un nouveau dispositif comprenant la création de trois établissements publics : l’InVS (Institut national de veille sanitaire), l’AFSSAPS (Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé) et l’AFSSA (Agence française de sécurité sanitaire des aliments). Le Comité national de sécurité sanitaire réunit, sous la présidence du ministre de la Santé, toutes les administrations et agences du domaine sanitaire.
Établissement public de l’Etat à caractère administratif, l’AFSSA se voit confier de nouveaux domaines d’expertise (eau, phytosanitaire, végétaux, organismes génétiquement modifiés (OGM), virologie alimentaire). L’Agence est placée sous la tutelle de trois ministères : Agriculture, Santé, Consommation.
Reprenant les missions du Centre national d'études vétérinaires et alimentaires (CNEVA), l’Agence a une mission de recherche et d’appui scientifique et technique en matière de santé animale, d’hygiène des aliments et de nutrition. Outre les douze laboratoires qui composaient le CNEVA ainsi que l’Agence nationale du médicament vétérinaire (ANMV) à Fougères, l’Agence intègre le Laboratoire d’études et de recherches en hydrologie du ministère de la Santé, situé à Nancy.
L'AFFSA fusionne en 2010 avec l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail, pour former l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES).
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La sous-direction décrite participe au conseil d'administration de l'AFSSA
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